Lấy bối cảnh tương lai vào năm 2050, Magrunner: Dark Pulse đưa người chơi đồng hành cùng một nhóm những thanh niên trẻ có trí tuệ và sức khỏe ưu việt, được Tập đoàn Gruckezber tuyển chọn để tham gia vào Magtech – một chương trình huấn luyện khai thác không gian sâu thẳm. Tuy nhiên, mọi thứ sớm trở nên xáo trộn và hãi hùng khi một trận động đất xảy ra tại khu huấn luyện, và vấn đề sống còn lúc này là đòi hỏi phải có sự hiểu biết về vật lý và trọng lực.

Magrunner: Dark Pulse xoay quanh nhân vật Dax Ward, một trong các thực tập viên Magrunner. Được sự hỗ trợ của người thầy huấn luyện Gamaji và chú chó robot tên Newton, Dax Ward sẽ phải định hướng vượt qua các khối mô hình huấn luyện, giải các câu đố bằng các sử dụng cơ chế Magtech, và vượt qua nhiều chướng ngại vật khác nhau. Để đến được đầu cuối của mỗi căn phòng không chỉ đòi hỏi có kiến thức vật lý và kỹ năng giải quyết vấn đề, mà còn cần đến cả sự phản xạ linh hoạt khi phải tránh thoát khỏi các pháo đài phòng thủ và quái thú.