Truyện xảy ra tại một vùng đất hư cấu ở Jushin, phỏng theo Triều Tiên thời phong kiến. Ở Jushin, đã từng có những đại diện bí mật của chính quyền được gọi là những ám hành ngự sử, những người cải trang đi du hành khắp đất nước. Họ được nhà vua giao nhiệm vụ tìm kiếm và trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ và mang lại công lí cho người dân.
Ở phần đầu câu chuyện, Jushin đã bị diệt vong và bị phân tách thành nhiều thái ấp và vương quốc, nhiều nơi bị cai trị bởi những tên quan đồi bại và bạo ngược. Ám Hành Ngự Sử đi theo cuộc hành trình của một trong những ám hành ngự sử còn sót lại, Munsu, khi mà anh vẫn lang thang khắp đất nước và giải quyết những hỗn loạn bị gây ra bởi sự diệt vong của Jushin.
Mặc dù ban đầu truyện được chia ra từng hồi, những tiến triển của truyện dần trở thành rõ ràng là những cuộc du hành của Munsu không phải là ngẫu nhiên. Sự thật là, Munsu đang tìm kiếm kẻ đã ám sát người bạn thân nhất của anh, đức vua của Jushin, một hành động dẫn tới sự diệt vong của đất nước.
Nhưng khi Munsu dần đạt tới mục tiêu của anh, anh đã bất ngờ gặp lại những người bạn và đồng chí cũ trong quá khứ, một số đã chuyển lòng trung thành đối với anh thành sự thù địch. Qua họ ta thấy rằng Munsu không phải luôn luôn là một ám hành ngự sử và chính bản thân anh cũng có phần trách nhiệm trong cái chết của nhà vua và sự diệt vong của Jushin sau đó.
Bao quát toàn bộ cốt truyện, câu chuyện cũng sử dụng những kì công của Munsu và các bạn đồng hành của anh để kể lại rất nhiều truyện dân gian Triều Tiên.